制作組織勻漿或細胞懸液，用熒光染料染色，則可以用流式細胞儀計數不同DNA含量或倍數的細胞數。例如，在睪丸組織中，精子細胞為單倍體細胞，精原細胞、 Sertoli細胞、Leydig細胞和其他非生精細胞為雙倍體細胞，初級精母細胞以及處于分裂期的精原細胞和非生精細胞為四倍體細胞。因此，運用流式細胞儀測定睪丸組織各級生精細胞DNA倍體的變化，可以間接判斷不同生精細胞數目相對比例變化的趨勢。但是，利用這些結果得出結論時一定要謹慎。例如，單倍體細胞數所占百分比下降可能說明精子細胞數量減少，但以下三種情況也可能引起百分比下降：

　　一是單倍體細胞數不變，其他倍體細胞數增加;

　　二是單倍體細胞數增加，其他倍體細胞數也增加而且增加得相對較多;

　　三是單倍體細胞數減少，其他倍體細胞數也減少，只是減少得相對較少。

　　與此類似，該百分比不變可能說明精子發生未受到影響，但以下兩種情況也可能出現此種結果：單倍體細胞和其他倍體細胞成比例地增加;單倍體細胞和其他倍體細胞 成比例地減少。因此，姑且不論細胞的準確辨認以及組織勻漿過程中細胞粉碎等問題，流式細胞儀估計細胞數至少存在這樣一個缺陷：一般只能反映細胞的相對數目比，而不能確定測定的細胞在某感興趣區域內的總數目是否真的有所增加、減少或不變。