1、無載氣通過時，柱的固定液熱分解較迅速。所安裝調試人員和培訓工程師定會對操作人員強調：在柱箱(爐)升溫前一定要先通上載氣(這與TCD操作要求相似)，在柱箱冷卻后方能關載氣。

　　2、載氣中若夾帶灰塵或其它顆粒狀物體就可能導致色譜柱迅速損壞，同時還應注意不能讓微粒或灰塵進入汽化室，因此在載氣進入儀器管路前必需凈化器;

　　3、載氣中的水分通過固定液的液膜吸附在體內表面上，將會取代或破壞固定液液膜，所以，固定液極性越強，越需要采用干燥的載氣，例如：象OV-1、SE- 30、SE-54、OV-101對載氣干燥要求不高，而PEG20M、FFAP和SP1000對載氣要求就很高。

　　但在涂布于碳酸鋇沉積層上的柱子情況就恰恰相反，涂極性固定液的柱子能經受含水樣品的直接進樣，而涂非極性固定液的柱反而不能經受含水樣品。但不管如何，載氣進入管路前最好都應進行脫水處理;

　　4、對于那些能被氧化的固定液(如PEG-20M、Carbowax、FFAP等)，對載氣除氧也很重要，由于N2和He中含O2較高，而H2中含O2 少，所以，ECD、FID常用高純N2作載氣，TCD用H2作載氣。同時，停機使用時，應將排空端密封住，以防止空氣中的氧氣對色譜柱固定液的氧化作用。

　　三氣路氣體凈化器即專門為以上幾點原因開發，可以根據不同需要裝填不同凈化劑，進行過濾、脫水、除氧除有機物。

　　5、在大多數情況下，柱的壽命與它的使用溫度成反比。采用稍低些的溫度上限，可顯著提高柱的壽命，程序升溫到較高溫度所維持的時間越短對柱的壽命影響越小。(見本頁附表)

　　6、水、醇(尤其是甲醇)、二硫化碳這類的溶劑，有著非常強的置換固定液的能力，因此用于有意將相當大量的溶劑聚集在柱上(溶劑效應)的不分流進樣法以及柱上進樣法的溶劑，應根據它們對柱壁的吸附親和力(或固定液被置換的可能性)小心的加以選擇。(例如：甲醇不宜用于PEG20M,丙酮往往會引起引起硅酮降解。)

　　7、毛細管柱最大特點是高柱效，但是柱效不僅反映了柱本身的質量，而且還包括進樣過程的整個系統總效率，也就是說，自樣品進入系統的一瞬間開始到出峰為止，每一個能影響峰寬或分離效果的因素，如進樣器、柱的連接、輔助氣引入位置、管路死體積、進樣器內襯的毛病等等，都一定會影響柱效。

　　8、一根好的柱子，由于安裝不當，可以造成理論塔板數降低，峰形增寬或拖尾、活性物質的吸附性拖尾或消失、靈敏度降低或組分分離不佳等等。

　　1)、進樣器與毛細管色譜柱連接：

　　分流進樣：分流點要求位于載氣流速較高的區域。

　　不分流進樣：色譜柱最好不伸進進樣器內，避免造成氣流掃不到的區域，通常直接連接到進樣器的末端。

　　2)、檢測器與色譜柱出口端連接：對FID不僅插入深度要超過尾吹和H2氣的進口，而且應盡可能將柱出口端插到FID的噴嘴下面1mm處為佳，對微型TCD應插到TCD氣體入口處為佳。可以改善輕度拖尾。

　　附表：

　　常見色譜柱固定相的使用溫度

　　1、聚二甲基硅酮類固定相： OV-1 , SE-30 (彈性體，OV-101 , SF96 , DC2000流體)，使用溫度上限為300C,但把溫度上限改為280℃，可使柱子壽命顯著延長。一般來說，彈性體類固定液比流體類更穩定些，SF96 , DC200因含有較高水平的殘留催化劑和不純物，不宜作GC/MS分析。

　　2、聚苯基乙基硅酮：SE-52(彈性體，5%苯基)，SE-54(彈性體，5%苯基，1%乙烯基)，DC10(液體，35%苯基)，OV-17(液體，50%苯基)實際上限250℃。SE-52、SE-54在280時穩定性很好，常用于GC/MS分析，并能容納超負荷的大進樣量。苯基含量增加、穩定性要差點。

　　3、聚氰丙基硅酮是極性強的硅酮固定液：OV225(液體，25%氰丙基，25%苯基)，Silav10c、SP2340(液體，75%氰丙基)，實際溫度上限是250℃。

　　4、聚乙二醇型(Carbowax or PEG)固定液是乙烯氧化物聚合體的混合物，其名稱反映了他們分子量變化范圍的平均值。Carbowax 20000(臘狀固體)，FFAP(兩終端都是對苯二甲酸的Carbowax 20000)，實際溫度上限是220℃。