不同型號的二級生物安全柜的主要不同在于：排氣的比例和氣體經過空氣高壓再循環的比例不同。此外，不同的二級生物安全柜各自具有不一樣的排氣方式：有的安全柜將空氣過濾后直接排到室內，有的是經過連接到專用通風管道上的套管或通過建筑物的排風系統排到建筑物外面。

    除此之外，所有的二級生物安全柜和一級生物安全柜一樣，可以保護操作人員和實驗室環境不受危害。同樣，二級安全柜也可以保證產品樣本在微生物操作中不受污染。二級生物安全柜可以在一，二，三級生物安全水平的生物因子操作中使用。