組織樣本DNA純化
　　大多數動物組織可以用裂解緩沖液和蛋白酶/蛋白酶K進行高效裂解。在加入裂解液之前需要將組織切成小塊，有條件的話建議使用TissueLyser或研缽等提前進行均質化。骨骼肌，心臟，皮膚等組織含有收縮蛋白，結締組織和膠原蛋白，所以利用蛋白酶/蛋白酶K進行充分消化是必須的。
　　FFPE樣本進行DNA純化時需要預裂解。福爾馬林可由PBS洗滌除去，石蠟可由二甲苯和乙醇進行去除。在蛋白酶消化后提高孵育的溫度有助于逆轉交聯，以便更好的從FFPE組織中釋放DNA，從而有助于提高DNA產量和改善下游檢測性能。 從FFPE中得到的DNA通常比從新鮮或凍存樣本中得到的DNA分子量小；DNA降解的程度則取決于樣本類型，儲存時間和固定的條件。

　　從微量樣本中純化DNA
　　微量樣本中DNA的含量很低，通常小于5ngDNA，通常需要使用carrier RNA來提高產量（不會影響下游分析檢測）。如果需要使用carrier RNA，那么在測量OD的時候會因為使用carrier RNA造成濃度測量有偏差（因為RNA在260nm也有吸收）。
　　推薦使用QIAamp DNA Micro Kit從微量樣本中進行DNA純化，該試劑盒采用 MinElute硅膠膜柱，洗脫體積可以低至20μl，同時通過兩步洗滌去除PCR抑制劑等污染物，最大程度從微量樣本中純化DNA。

　　從血液樣本中純化DNA
　　血液樣本可以是新鮮或凍存全血或干血片，由于血液樣本在采集后會迅速凝固，所以通常在采血時使用EDTA，檸檬酸鹽或肝素進行抗凝。經過抗凝處理的血液樣本可以直接用于 DNA純化，需要注意的是使用的DNA純化方法需要能夠去除上述抗凝劑，以免干擾下游 PCR檢測。全血也可以在DNA純化前先進行白細胞富集等再進行DNA純化。
　　從血液中純化DNA的產量很大程度上取決于血液中的白細胞數量，而白細胞數量則和血液的供體情況有很大關聯（如貧血或感染都會造成白細胞數量變化）。上述情況必須在進行DNA純化前就應該考慮到。此外，有些動物有有核血，這意味著這類樣本中含有更多的 DNA，在從此類血樣中純化DNA，上樣量需要減少10倍左右。

　　從細胞中純化DNA
　　哺乳動物細胞可以使用蛋白酶K進行裂解。
　　酵母細胞需要首先使用溶菌酶對細胞壁進行處理，然后使用蛋白酶或蛋白酶 K 進行消化。
　　許多細菌細胞可以使用裂解buffer和蛋白酶/蛋白酶K進行裂解，某些細菌如革蘭氏陽性菌需要預先使用溶菌酶對細胞壁進行處理。
　　細菌細胞需要先從生物體液中沉淀，然后從中純化細菌DNA，拭子樣本需要先使用殺菌劑進行預處理然后再離心。
　　使用機械裂解會比用酶消化的效果要好，尤其是針對革蘭氏陽性菌或真菌而言。