針對轉基因產品的安全性，正反兩方在2013年激辯。農業主管部門也不斷被問及對轉基因技術的態度。我國對農業轉基因技術的政策可概括為十六個字：加快研究，推進運用，規范管理，科學發展。以此積極穩妥地推進農業轉基因研究與應用。在2013年12月的國新辦發布會上，農業部總經濟師畢美家這樣回應轉基因產品的安全性問題。

　　2014年2月7日，農業部發布的《2014年農業科技教育與環保能源工作要點》也體現了其對轉基因作物研究的立場：既力挺又防范。農業部副部長陳曉華此前針對我國自己的轉基因食品發展亦表示，農業部采取的是積極、慎重的方針。積極就是要加強科學研究，盡快研發出具有自主知識產權的新品種，在這個領域占領制高點，防止受制于人。慎重就是在推廣和應用上，必須保證它的安全性，所以建立了嚴格的法律法規，并有一整套科學評價機制和多部門配合的監管鏈條，來保證推廣和使用的轉基因產品是安全的。

　　陳曉華說,對轉基因產品,農業部采取的是積極、慎重的方針。所謂積極,就是要加強科學研究,盡快研發出具有自主知識產權的新品種,在這個領域占領制高點,防止受制于人。慎重就是在推廣和應用上必須保證安全性。所以建立了嚴格的法律法規,并且有一整套科學評價機制和多部門配合的監管鏈條來保證安全性。對于轉基因研發成果的產業化問題,同樣要按照這樣的思路,成熟一批、推進一批。在轉基因新品種的產業化問題上,沒有制定時間表。

　　中央農村工作領導小組副組長陳錫文表示，分子級的育種是全球生命科學的前沿技術，中國作為一個農業大國，在科學研究上，我們必須努力趕上世界的前沿。第二，轉基因育種能否上市銷售，提供給消費者，這必須經過極其嚴格的審核。第三，一定要讓消費者有充分的知情權。如果含有轉基因的成份，必須進行標注，這個基本原則會長期堅持。

　　在中國，真正推出的轉基因的食用農產品非常少，我們中國是世界上轉基因農產品播種面積比較大的國家，但我們主要是轉基因棉花，食用的農產品中只有一個木瓜。從目前的情況看，全球的轉基因育種，到現在真正為了提高產量的還不太多，主要是為了增強它的抗病蟲害能力，這樣就可以減少農藥的使用量，對環境保護起更好的作用。

　　在這場爭論中，種子安全、尤其是進口種子的安全也受到廣泛關注。目前，我國種子市場估值為600多億，是世界第二大種子需求國。巨大的市場吸引了孟山都、先正達、先鋒等跨國種業巨頭。農業部總經濟師畢美家表示，2014年，農業部門將加快種業發展，深化種業體制改革。

　　畢美家指出，強化種子企業技術創新主體地位，推動公益性科研單位與其所辦的種子企業脫鉤，加快構建商業化的育種體系;加強種子市場監管，加強種質資源的保護和利用。

　　農業部表示2014年要大力推進農業科技管理機制改革創新，開展“十三五”農業科技發展思路、重點領域和主攻方向的調查研究，適時調整農業科技進步路線。要加大農業重大科研攻關和技術研發力度。

　　加強農業戰略性和基礎性科研攻關、高新技術和關鍵技術研發以及農業科技基礎性工作，以動植物種質創新與良種培育、農產品加工與質量安全技術、資源節約與生態環保技術、農業機械化和信息化技術為重點，力爭夯實基礎、出大成果。

　　農業部指出，還要繼續堅定不移地推進轉基因重大專項深入實施，加快轉基因優質棉、抗蟲及抗旱玉米、抗除草劑大豆、高品質奶牛等重大新品種培育，推動產品研發、安全評價與品種審定有機銜接。繼續推進現代農業產業技術體系建設，重點做好高產優質品種培育、標準化種養技術等方面的創新示范，做好應急性技術儲備。

　　農業部強調，要強化轉基因監管和科普宣傳。嚴格按照法規和相關技術標準要求開展轉基因生物安全評價。強化轉基因生物安全屬地管理制度和研發者“第一責任人”責任，嚴格進行轉基因安全執法監管，加強對重點地區、重點單位和重點產品的監管執法。