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實驗室儀器
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綜述:細胞外泌體顆粒表征測量技術(shù)新進展
[2014/7/17]
外泌體最早發(fā)現(xiàn)于體外培養(yǎng)的綿羊紅細胞上清液中,是細胞主動分泌的大小較為均一,直徑為40~100納米,密度1.10~1.18 g/ml的囊泡樣小體。
細胞外泌體攜帶多種蛋白質(zhì)、mRNA、miRNA,參與細胞通訊、細胞遷移、血管新生和腫瘤細胞生長等過程并且有可能成為藥物的天然載體,應(yīng)用于臨床治療。然而,測量技術(shù)手段的局限限制了外泌體在這些領(lǐng)域的研究進展。所以,在這篇文章中,總結(jié)了外泌體的純化方法,比較了現(xiàn)存各種外泌體測量技術(shù),重點介紹了一種新的測量技術(shù),納米微粒追蹤分析術(shù),在外泌體尺寸和表征研究中的應(yīng)用。
1. 外泌體提取及方法學(xué)評價
到目前為止,仍沒有一種方法能同時保證外泌體的含量、純度、生物活性。
1.1 離心法
這是目前外泌體提取最常用的方法。簡單來說,收集細胞培養(yǎng)液以后依次在300 g、2 000 g、10 000 g離心去除細胞碎片和大分子蛋白質(zhì),最后100 000 g離心得到外泌體。此種方法得到的外泌體量多,但是純度不足,電鏡鑒定時發(fā)現(xiàn)外泌體聚集成塊,由于微泡和外泌體沒有非常統(tǒng)一的鑒定標準,也有一些研究認為此種方法得到的是微泡不是外泌體。
1.2 過濾離心
過濾離心是利用不同截留相對分子質(zhì)量(MWCO)的超濾膜離心分離外泌體。截留相對分子質(zhì)量是指能自由通過某種有孔材料的分子中最大分子的相對分子質(zhì)量。外泌體是一個囊狀小體,相對分子質(zhì)量大于一般蛋白質(zhì),因此選擇不同大小的MWCO膜可使外泌體與其他大分子物質(zhì)分離。這種操作簡單、省時,不影響外泌體的生物活性,但同樣存在純度不足的問題。
1.3 密度梯度離心法
密度梯度離心是將樣本和梯度材料一起超速離心,樣品中的不同組分沉降到各自的等密度區(qū),分為連續(xù)和不連續(xù)梯度離心法。用于密度梯度離心法的介質(zhì)要求對細胞無毒,在高濃度時粘度不高且易將pH調(diào)至中性。實驗中常用蔗糖密度梯度離心法,在離心法的基礎(chǔ)上,預(yù)先將兩種濃度蔗糖溶液(如2.5 M 和0.25 M)配成連續(xù)梯度體系置于超速離心管中,樣本鋪在蔗糖溶液上,100 000 g離心16 h,外泌體會沉降到等密度區(qū)(1.10~1.18 g/ml)。用此種方法分離到的外泌體純度高,但是前期準備工作繁雜,耗時,量少。
1.4 免疫磁珠法
免疫磁珠是包被有單克隆抗體的球型磁性微粒,可特異性地與靶物質(zhì)結(jié)合。同樣,在離心法的基礎(chǔ)上,預(yù)先使磁珠包被針對外泌體相關(guān)抗原的抗體(如CD9、 CD63、Alix)與外泌體共同孵育,蒸餾水沖洗后,重懸于PBS緩沖液中。這種方法可以保證外泌體形態(tài)的完整,特異性高、操作簡單、不需要昂貴的儀器設(shè)備, 但是非中性pH和非生理性鹽濃度會影響外泌體生物活性,不便進行下一步的實驗。
1.5 色譜法
色譜法是利用根據(jù)凝膠孔隙的孔徑大小與樣品分子尺寸的相對關(guān)系而對溶質(zhì)進行分離的分析方法。樣品中大分子不能進入凝膠孔,只能沿多孔凝膠粒子之間的空隙通過色譜柱,首先被流動相洗脫出來;小分子可進入凝膠中絕大部分孔洞,在柱中受到更強地滯留,更慢地被洗脫出。分離到的外泌體在電鏡下大小均一,但是需要特殊的設(shè)備,應(yīng)用不廣泛。
2. 外泌體測量各種方法的比較
2.1 電子顯微鏡
掃描電子顯微鏡(SEM)的工作原理是以能量為1-30KV間的電子束,以光柵狀掃描方式照射到被分析試樣的表面上,利用入射電子和試樣表面物質(zhì)相互作用所產(chǎn)生的二次電子和背散射電子成象,獲得試樣表面微觀組織結(jié)構(gòu)和形貌信息。高的分辨率。由于超高真空技術(shù)的發(fā)展,場發(fā)射電子槍的應(yīng)用得到普及,現(xiàn)代先進的掃描電鏡的分辨率已經(jīng)達到1納米左右,足夠用來進行外泌體尺寸的測量。鑒于SEM的工作特點,在外泌體研究中,能夠直接觀察到樣品中外泌體的形態(tài)。并且SEM具有很高的分辨率,能夠鑒別不同大小不一的外泌體。但SEM對樣品的預(yù)處理和制備上面要求較高,樣品的準備階段比較復(fù)雜,不適合對外泌體進行大量快速的測量。而且由于外泌體經(jīng)過了預(yù)處理和制備過程,無法準確的進行外泌體濃度的測量。
2.2 動態(tài)光散射技術(shù)
動態(tài)光散射是收集溶液中做布朗運動的顆粒散射光強度起伏的變化,通過相關(guān)器將光強的波動轉(zhuǎn)化為相關(guān)曲線,從而得到光強波動的速度,計算出粒子的擴散速度信息和粒子的粒徑。小顆粒樣品的布朗運動速度快,光強波動較快,相關(guān)曲線衰減較快,大顆粒反之(圖1)。
在外泌體研究中,動態(tài)光散射測量敏感度較高,測量下限為10納米。相對于SEM技術(shù)來說,樣品制備簡單,只需要簡單的過濾,測量速度較快。但是動態(tài)光散射技術(shù)由于是測量光強的波動數(shù)據(jù),所以大顆粒的光強波動信號會掩蓋較小顆粒的光強波動信號,所以動態(tài)光散射不適合大小不一的復(fù)雜外泌體樣本的測量,只適合通過色譜法制備的大小均一的外泌體的尺寸測量,并且無法測量樣品中外泌體的濃度。
2.3 納米微粒追蹤分析術(shù)
納米微粒追蹤分析術(shù)(以下簡稱NTA)是一種比較新穎的研究納米顆粒的方法,它可以直接和實時的觀測納米顆粒。NTA通過光學(xué)顯微鏡收集納米顆粒的散射光信號,拍攝一段納米顆粒在溶液中做布朗運動的影像,對每個顆粒的布朗運動進行追蹤和分析,從而計算出納米顆粒的流體力學(xué)半徑和濃度。
NTA系統(tǒng)的工作原理是將一束能量集中的激光穿過玻璃棱鏡對樣品(懸浮顆粒的溶液)進行照射(光路圖見圖2)。
激光光束從較小角度入射進入樣品溶液,照亮溶液中的顆粒。配備相機的光學(xué)顯微鏡,被放置在特定的位置上,收集視野中被照亮的納米顆粒發(fā)射出的光散射信號。 樣品池有大約500微米的深度,采樣點激光照亮寬度為20微米,這個數(shù)值和光學(xué)顯微鏡的聚焦的視野深度相匹配。相機會進行60秒的影像拍攝,每秒30個采樣畫面。顆粒的運動過程被NTA軟件進行分析。NTA軟件在每幅被記錄的畫面中鑒別和追蹤做布朗運動的納米顆粒。
根據(jù)顆粒的運動速度,通過二維 Stokes-Einstein方程計算顆粒流體力學(xué)半徑
在方程中2是均方位移,KB是Boltzmann常數(shù); T是溶液的溫度,單位是Kelvin;ts是采樣時間,例如,1/30 fpsec = 33 msec;η是溶液粘度;dh是流體力學(xué)直徑。 NTA檢測顆粒大小的范圍和顆粒本身的折光指數(shù)相關(guān)。測量的下限取決于被研究顆粒和背景之間信噪比,也就是顆粒的散射光強度和背景的光強差距。顆粒的散射光強度根據(jù)Rayleigh散射方程,受到以下因素的影響
由于NTA技術(shù)是直接追蹤樣品中每一個納米顆粒,決定了NTA對復(fù)雜的樣品具有極高的分辨率,為了證明NTA對于復(fù)雜樣品的分辨能力,我們將100納米和300納米兩種不同大小的聚苯乙烯顆粒按照5:1的數(shù)量混合,使用NTA進行測量(圖3A)。盡管其分布圖形有一定的重疊,但兩種不同大小的納米顆粒的峰清楚的區(qū)分開來。這種對復(fù)雜樣品的分辨能力對于外泌體這樣的研究對象來說是非常重要的。
NTA也能對樣品濃度進行直接測量。對一系列濃度為1×108-8×108的100納米單分散樣品進行測量,可以看到NTA測量濃度結(jié)果和實際濃度存在著很好的線性相關(guān)(圖3B)。對于多分散體系,測量結(jié)果的準確取決于儀器參數(shù)的設(shè)定(照相機快門速度和光圈),恰當(dāng)?shù)膮?shù)設(shè)定可以保證不同大小顆粒都被NTA軟件追蹤和計算。
NTA還具有分析熒光樣品的能力,NTA有四種不同波長405納米, 488納米, 532納米和635納米的激光器可以選擇,在搭配相應(yīng)的濾光片,從而實現(xiàn)對熒光樣品的測量。將100納米的熒光標記的顆粒和200納米的非熒光顆粒用同一溶劑做成混合樣品,使用NTA進行測量(圖4),圖4中,藍色的線顯示為NTA的光散射模式,可以看到盡管100納米和200nm納米顆粒的分布圖有重疊,但還是清楚的區(qū)分了100納米和200納米的峰值。然后使用熒光濾光片進行分析,只觀測到100納米的熒光標記的納米顆粒(紅線)
由于外泌體表面有標志物CD9,CD63等跨膜分子的存在,在復(fù)雜的背景環(huán)境下(如血清中),可以用熒光抗體標記外泌體,在用NTA的熒光測量功能實現(xiàn)在復(fù)雜背景下對外泌體的測量。NTA相比較于流式細胞儀的熒光功能,分辨率較高,測量熒光顆粒的下限可以達到30-40納米,而流式細胞儀的測量下限為 400納米,即使對于最新一代的數(shù)碼流式細胞儀,其測量下限已經(jīng)達到100納米,但由于它仍然建立在監(jiān)測光信號的基礎(chǔ)上,所以測量和準確性和分辨率仍然不可靠。所以在外泌體熒光功能測量上,NTA具有獨特的優(yōu)勢。
3. 總結(jié)
外泌體作為生物標志物的研究目前處于起步階段,但臨床應(yīng)用已顯示出良好的前景。 在臨床診斷中,簡單快速的在復(fù)雜的生物背景下(如血漿,尿液)測量外泌體濃度,大小和表征數(shù)據(jù)是必備的要求。目前存在的方法都無法完美的解決這一問題。 NTA作為一個相對新的測量技術(shù),具有實時觀測,較高的分辨率,準確的濃度測量和熒光測量功能,提供了對外泌體大小和濃度研究的新的思路。
細胞外泌體攜帶多種蛋白質(zhì)、mRNA、miRNA,參與細胞通訊、細胞遷移、血管新生和腫瘤細胞生長等過程并且有可能成為藥物的天然載體,應(yīng)用于臨床治療。然而,測量技術(shù)手段的局限限制了外泌體在這些領(lǐng)域的研究進展。所以,在這篇文章中,總結(jié)了外泌體的純化方法,比較了現(xiàn)存各種外泌體測量技術(shù),重點介紹了一種新的測量技術(shù),納米微粒追蹤分析術(shù),在外泌體尺寸和表征研究中的應(yīng)用。
1. 外泌體提取及方法學(xué)評價
到目前為止,仍沒有一種方法能同時保證外泌體的含量、純度、生物活性。
1.1 離心法
這是目前外泌體提取最常用的方法。簡單來說,收集細胞培養(yǎng)液以后依次在300 g、2 000 g、10 000 g離心去除細胞碎片和大分子蛋白質(zhì),最后100 000 g離心得到外泌體。此種方法得到的外泌體量多,但是純度不足,電鏡鑒定時發(fā)現(xiàn)外泌體聚集成塊,由于微泡和外泌體沒有非常統(tǒng)一的鑒定標準,也有一些研究認為此種方法得到的是微泡不是外泌體。
1.2 過濾離心
過濾離心是利用不同截留相對分子質(zhì)量(MWCO)的超濾膜離心分離外泌體。截留相對分子質(zhì)量是指能自由通過某種有孔材料的分子中最大分子的相對分子質(zhì)量。外泌體是一個囊狀小體,相對分子質(zhì)量大于一般蛋白質(zhì),因此選擇不同大小的MWCO膜可使外泌體與其他大分子物質(zhì)分離。這種操作簡單、省時,不影響外泌體的生物活性,但同樣存在純度不足的問題。
1.3 密度梯度離心法
密度梯度離心是將樣本和梯度材料一起超速離心,樣品中的不同組分沉降到各自的等密度區(qū),分為連續(xù)和不連續(xù)梯度離心法。用于密度梯度離心法的介質(zhì)要求對細胞無毒,在高濃度時粘度不高且易將pH調(diào)至中性。實驗中常用蔗糖密度梯度離心法,在離心法的基礎(chǔ)上,預(yù)先將兩種濃度蔗糖溶液(如2.5 M 和0.25 M)配成連續(xù)梯度體系置于超速離心管中,樣本鋪在蔗糖溶液上,100 000 g離心16 h,外泌體會沉降到等密度區(qū)(1.10~1.18 g/ml)。用此種方法分離到的外泌體純度高,但是前期準備工作繁雜,耗時,量少。
1.4 免疫磁珠法
免疫磁珠是包被有單克隆抗體的球型磁性微粒,可特異性地與靶物質(zhì)結(jié)合。同樣,在離心法的基礎(chǔ)上,預(yù)先使磁珠包被針對外泌體相關(guān)抗原的抗體(如CD9、 CD63、Alix)與外泌體共同孵育,蒸餾水沖洗后,重懸于PBS緩沖液中。這種方法可以保證外泌體形態(tài)的完整,特異性高、操作簡單、不需要昂貴的儀器設(shè)備, 但是非中性pH和非生理性鹽濃度會影響外泌體生物活性,不便進行下一步的實驗。
1.5 色譜法
色譜法是利用根據(jù)凝膠孔隙的孔徑大小與樣品分子尺寸的相對關(guān)系而對溶質(zhì)進行分離的分析方法。樣品中大分子不能進入凝膠孔,只能沿多孔凝膠粒子之間的空隙通過色譜柱,首先被流動相洗脫出來;小分子可進入凝膠中絕大部分孔洞,在柱中受到更強地滯留,更慢地被洗脫出。分離到的外泌體在電鏡下大小均一,但是需要特殊的設(shè)備,應(yīng)用不廣泛。
2. 外泌體測量各種方法的比較
2.1 電子顯微鏡
掃描電子顯微鏡(SEM)的工作原理是以能量為1-30KV間的電子束,以光柵狀掃描方式照射到被分析試樣的表面上,利用入射電子和試樣表面物質(zhì)相互作用所產(chǎn)生的二次電子和背散射電子成象,獲得試樣表面微觀組織結(jié)構(gòu)和形貌信息。高的分辨率。由于超高真空技術(shù)的發(fā)展,場發(fā)射電子槍的應(yīng)用得到普及,現(xiàn)代先進的掃描電鏡的分辨率已經(jīng)達到1納米左右,足夠用來進行外泌體尺寸的測量。鑒于SEM的工作特點,在外泌體研究中,能夠直接觀察到樣品中外泌體的形態(tài)。并且SEM具有很高的分辨率,能夠鑒別不同大小不一的外泌體。但SEM對樣品的預(yù)處理和制備上面要求較高,樣品的準備階段比較復(fù)雜,不適合對外泌體進行大量快速的測量。而且由于外泌體經(jīng)過了預(yù)處理和制備過程,無法準確的進行外泌體濃度的測量。
2.2 動態(tài)光散射技術(shù)
動態(tài)光散射是收集溶液中做布朗運動的顆粒散射光強度起伏的變化,通過相關(guān)器將光強的波動轉(zhuǎn)化為相關(guān)曲線,從而得到光強波動的速度,計算出粒子的擴散速度信息和粒子的粒徑。小顆粒樣品的布朗運動速度快,光強波動較快,相關(guān)曲線衰減較快,大顆粒反之(圖1)。
在外泌體研究中,動態(tài)光散射測量敏感度較高,測量下限為10納米。相對于SEM技術(shù)來說,樣品制備簡單,只需要簡單的過濾,測量速度較快。但是動態(tài)光散射技術(shù)由于是測量光強的波動數(shù)據(jù),所以大顆粒的光強波動信號會掩蓋較小顆粒的光強波動信號,所以動態(tài)光散射不適合大小不一的復(fù)雜外泌體樣本的測量,只適合通過色譜法制備的大小均一的外泌體的尺寸測量,并且無法測量樣品中外泌體的濃度。
2.3 納米微粒追蹤分析術(shù)
納米微粒追蹤分析術(shù)(以下簡稱NTA)是一種比較新穎的研究納米顆粒的方法,它可以直接和實時的觀測納米顆粒。NTA通過光學(xué)顯微鏡收集納米顆粒的散射光信號,拍攝一段納米顆粒在溶液中做布朗運動的影像,對每個顆粒的布朗運動進行追蹤和分析,從而計算出納米顆粒的流體力學(xué)半徑和濃度。
NTA系統(tǒng)的工作原理是將一束能量集中的激光穿過玻璃棱鏡對樣品(懸浮顆粒的溶液)進行照射(光路圖見圖2)。
激光光束從較小角度入射進入樣品溶液,照亮溶液中的顆粒。配備相機的光學(xué)顯微鏡,被放置在特定的位置上,收集視野中被照亮的納米顆粒發(fā)射出的光散射信號。 樣品池有大約500微米的深度,采樣點激光照亮寬度為20微米,這個數(shù)值和光學(xué)顯微鏡的聚焦的視野深度相匹配。相機會進行60秒的影像拍攝,每秒30個采樣畫面。顆粒的運動過程被NTA軟件進行分析。NTA軟件在每幅被記錄的畫面中鑒別和追蹤做布朗運動的納米顆粒。
根據(jù)顆粒的運動速度,通過二維 Stokes-Einstein方程計算顆粒流體力學(xué)半徑
在方程中2是均方位移,KB是Boltzmann常數(shù); T是溶液的溫度,單位是Kelvin;ts是采樣時間,例如,1/30 fpsec = 33 msec;η是溶液粘度;dh是流體力學(xué)直徑。 NTA檢測顆粒大小的范圍和顆粒本身的折光指數(shù)相關(guān)。測量的下限取決于被研究顆粒和背景之間信噪比,也就是顆粒的散射光強度和背景的光強差距。顆粒的散射光強度根據(jù)Rayleigh散射方程,受到以下因素的影響
由于NTA技術(shù)是直接追蹤樣品中每一個納米顆粒,決定了NTA對復(fù)雜的樣品具有極高的分辨率,為了證明NTA對于復(fù)雜樣品的分辨能力,我們將100納米和300納米兩種不同大小的聚苯乙烯顆粒按照5:1的數(shù)量混合,使用NTA進行測量(圖3A)。盡管其分布圖形有一定的重疊,但兩種不同大小的納米顆粒的峰清楚的區(qū)分開來。這種對復(fù)雜樣品的分辨能力對于外泌體這樣的研究對象來說是非常重要的。
NTA也能對樣品濃度進行直接測量。對一系列濃度為1×108-8×108的100納米單分散樣品進行測量,可以看到NTA測量濃度結(jié)果和實際濃度存在著很好的線性相關(guān)(圖3B)。對于多分散體系,測量結(jié)果的準確取決于儀器參數(shù)的設(shè)定(照相機快門速度和光圈),恰當(dāng)?shù)膮?shù)設(shè)定可以保證不同大小顆粒都被NTA軟件追蹤和計算。
NTA還具有分析熒光樣品的能力,NTA有四種不同波長405納米, 488納米, 532納米和635納米的激光器可以選擇,在搭配相應(yīng)的濾光片,從而實現(xiàn)對熒光樣品的測量。將100納米的熒光標記的顆粒和200納米的非熒光顆粒用同一溶劑做成混合樣品,使用NTA進行測量(圖4),圖4中,藍色的線顯示為NTA的光散射模式,可以看到盡管100納米和200nm納米顆粒的分布圖有重疊,但還是清楚的區(qū)分了100納米和200納米的峰值。然后使用熒光濾光片進行分析,只觀測到100納米的熒光標記的納米顆粒(紅線)
由于外泌體表面有標志物CD9,CD63等跨膜分子的存在,在復(fù)雜的背景環(huán)境下(如血清中),可以用熒光抗體標記外泌體,在用NTA的熒光測量功能實現(xiàn)在復(fù)雜背景下對外泌體的測量。NTA相比較于流式細胞儀的熒光功能,分辨率較高,測量熒光顆粒的下限可以達到30-40納米,而流式細胞儀的測量下限為 400納米,即使對于最新一代的數(shù)碼流式細胞儀,其測量下限已經(jīng)達到100納米,但由于它仍然建立在監(jiān)測光信號的基礎(chǔ)上,所以測量和準確性和分辨率仍然不可靠。所以在外泌體熒光功能測量上,NTA具有獨特的優(yōu)勢。
3. 總結(jié)
外泌體作為生物標志物的研究目前處于起步階段,但臨床應(yīng)用已顯示出良好的前景。 在臨床診斷中,簡單快速的在復(fù)雜的生物背景下(如血漿,尿液)測量外泌體濃度,大小和表征數(shù)據(jù)是必備的要求。目前存在的方法都無法完美的解決這一問題。 NTA作為一個相對新的測量技術(shù),具有實時觀測,較高的分辨率,準確的濃度測量和熒光測量功能,提供了對外泌體大小和濃度研究的新的思路。