其中，中國科學院物理研究所趙忠賢院士和中國中醫科學院屠呦呦研究員，分別獲得國家最高科學技術獎。國家自然科學獎、國家技術發明獎和國家科學技術進步獎這三大獎共評選出279個獲獎項目，另外，還有5名外籍專家和1個國際組織獲得中華人民共和國國際科學技術合作獎。

   經學科專業評審組、評審委員會和獎勵委員會三級評審，2016年度國家科學技術獎共評選出2名最高獎獲獎人、279個項目、5名外籍專家和1個國際組織。

　中國科學院共獲2016年度國家科學技術獎勵26項（人）
　　
中國科學院物理所趙忠賢院士獲最高科學技術獎，中科院作為第一完成人或完成單位，獲自然科學獎一等獎1項，自然科學獎二等獎12項；技術發明獎一等獎1項，技術發明獎二等獎3項；科技進步獎一等獎1項，科技進步獎二等獎5項。

其中中國科學院高能物理研究所王貽芳院士牽頭完成的“大亞灣反應堆中微子實驗發現的中微子振蕩新模式”獲國家自然科學一等獎，中國科學院光電技術研究所牽頭完成的項目獲技術發明一等獎（專用項目），中國科學院高能物理研究所牽頭完成的“北京正負電子對撞機重大改造工程”獲科學技術進步一等獎。

中科院推薦的德國比勒菲爾德大學教授凱瑟琳娜•科瑟-赫英郝斯和美國威斯康星大學教授約翰•庫茨巴赫獲國際科技技術合作獎。

　中科院獲2016年度國家科技獎三大獎項目列表
　　
中國科學院共獲2016年度國家科學技術獎勵26項（人）。物理所趙忠賢院士獲最高科學技術獎，中科院作為第一完成人或完成單位，獲自然科學獎一等獎1項，自然科學獎二等獎12項；技術發明獎一等等獎1項，技術發明獎二等獎3項；科技進步獎一等獎1項，科技進步獎二等獎5項。其中高能物理研究所王貽芳院士牽頭完成的“大亞灣反應堆中微子實驗發現的中微子振蕩新模式”獲國家自然科學一等獎，光電技術研究所牽頭完成的項目獲技術發明一等獎（專用項目），高能物理研究所牽頭完成的“北京正負電子對撞機重大改造工程”獲科學技術進步一等獎。中科院推薦的德國比勒菲爾德大學教授凱瑟琳娜•科瑟-赫英郝斯和美國威斯康星大學教授約翰•庫茨巴赫獲國際科技技術合作獎。